یکی از مهم‌ترین عناصر به کار رفته در تزیینات داخلی کاخ سعدآباد فرش‌های نفیس و دستباف این مجموعه است که با طرح‌ها و الگوهای برگرفته از هنر صنعت فرش ایران این مجموعه را به موزه‌ای از فرش‌های ایرانی تبدیل کرده و زیبایی و تاریخچه‌ی فرهنگی خاصی را به این مکان افزوده‌اند.
فرش‌های کاخ سعدآباد با توجه به معماری و سبک هنری کاخ که از تنوع پشتیبانی می‌کند، طرح‌ها و موضوع‌های متنوعی دارند. برخی از فرش‌ها با طرح‌های گلستانی، طبیعت، صحنه‌های شکار و پرنده‌ها تزیین شده‌اند. برخی فرش‌ها هم طرح‌های هنری و هندسی دارند.
این فرش‌ها با استفاده از مواد اولیه باکیفیت و به دست هنرمندان سرآمد هنر فرش دستباف ایران بافته شده‌اند و هر یک تاریخچه‌ای جداگانه دارند. مهم‌ترین آنها قالی‌های «عمواوغلی»اند که از پشم بز و گوسفند بافته می‌شوند و به داشتن الگوها و طرح‌های متنوع و شاداب مشهوراند.
چندی پیش بود که خبری مبنی بر گم شدن تعدادی تخته فرش در کاخ سعد آباد منتشر شد. پس از گزارش «خروج غیر قانونی اموالی نظیر ۴۸ تخته فرش دستباف نفیس و گران‌قیمت از ساختمان حافظیه سعد آباد» در دولت سیزدهم، تیم ویژه‌ای با همکاری سازمان‌های نظارتی تشکیل و به بررسی همه جانبه موضوع مفقود شدن فرش‌های نفیس در دولت قبل پرداخته شد.
بر اساس گزارش‌های این تیم و با بررسی تنها ده تخته از فرش‌های خارج شده و بر اساس قدمت تاریخی آن، نوع طراحی، مکتب هنری و خصوصیات فیزیکی ارزش نسبی آنها را مبلغی معادل ۱۲۷ میلیارد تومان اعلام کردند. این ده تخت فرش ارزش‌گذاری شده جزو نفیس‌ترین فرش‌های نهاد بوده و متعلق به سبک‌های مشهدی(عمواوغلی)، اصفهان و تودشک است که یکی از آنها از نظر قدمت به دوره قاجار می‌رسد.
پس از رسانه‌ای شدن خبر این سرقت تاریخی، رسانه‌های اصلاح‌طلب با دستپاچگی، سعی بر انداختن موضوع به گردن دولت احمدی‌نژاد را داشتند! اما خبری که صحت دارد همان ناپدید شدن فرش‌ها در زمان دولت روحانی است.
این بنا پیشتر نیز مورد توجه رسانه‌ها قرار گرفته بود. رئیس دفتر وقت دولت دوازدهم در پاسخ به علاقه وافر روحانی به برگزاری جلسات دولت وقت در این محل پروتکل‌های خاص تعیین شده از سوی وزارت بهداشت را علت آن دانسته بود و اظهار داشته بود: ساختمان حافظیه دارای سالن جلسات مناسبی است که می‌توانیم با حفظ پروتکل‌های تعیین شده از جمله حفظ فاصله میان افراد، جلسات را در این مکان برگزار کنیم.
واضح است که خروج فرش‌های نفیس توسط یک کارمند نهاد ریاست جمهوری و در یک مقطع زمانی به امری تقریبا محال شبیه است. اقدامات انجام شده توسط بیش از یک نفر در مواقع متعدد صورت پذیرفته است و در مراحل مختلف تصاحب، حمل و نگهداری از اموال مفقودی نیز محتمل است اشخاص متعددی دخیل در موضوع باشند.
البته این تنها ناپدیدی در دوره روحانی نیست. پیش از کاخ سعدآباد، پول‌های صندوق توسعه ملی و خزانه کشور نیز توسط دولت حسن روحانی ناپدید شده‌اند.
